Schon der mittelalterliche Chronist Annalista Saxo erwähnte die "Wifilisburg" als Vorgängergebäude, die während des 9. und 10. Jahrhunderts gegen die Hunnen genutzt wurde. Dieses beschrieb Widukind von Corvey in der Sachsengeschichte über Heinrichs I. (876–936 n.Chr.) Auseinandersetzungen mit den Slawen: „Die Daleminzier konnten seinem Angriff nicht widerstehen und holten gegen ihn die Awaren, die wir nun Ungarn nennen, einen im Krieg sehr harten Stamm. Wie manche glauben, waren die Awaren Reste der Hunnen.“ Friedrich von Arnsberg errichtete 1123 ein weiteres Gebäude in der Burganlage, welches nach seinem Tod 1124 von den Bewohnern des benachbarten Dorfes, die von Arnsberg unterdrückt wurden, wieder zerstört wurde. Graf Otto I. von Waldeck verkaufte 1301 die Wewelsburg an den Fürstbischof von Paderborn. Bis 1589 wurde das Anwesen um die zwei festungsähnlichen Gebäude von den Fürstbischöfen an verschiedene Lehnsherren vergeben.
Der Paderborner Fürstbischof Dietrich von Fürstenberg, der von 1585 bis 1618 regierte, schuf von 1603 bis 1609 die Wewelsburg in ihrer heutigen Form als Schloss im Stil der Weserrenaissance. Dabei integrierte er das Mauerwerk beider Vorgängergebäude in das neue Gebäude, den Charakter der Wewelsburg mit den drei Türmen passte er in seiner Gestalt dem spitzwinkeligen Gelände an. Sie diente fort an einige Zeit als Nebenresidenz der Fürstbischöfe. Im Süden verhindert ein Trockengraben den Zugang zum Gebäude, das Vorwerk ist von einer Ringmauer eingefasst. Eine (Zug-)Brücke führt über den östlichen Trockengraben zum Eingangsportal, die Westseite liegt am Talabhang. Gebaut wurde mit witterungsempfindlichen Kalkstein, Putz hob die Fensterfassungen und bildhauerischen Elemente an Portalen und Erkern hervor. Im Erker über dem Hauptportal ragt die Inschrift „Multi quaerent intrare et non poterunt“ (Viele wollen eintreten und können es nicht), welches den fürstbischöflichen Willen beweist im Raum Paderborn den Katholizismus bei den Untertanen durchzusetzen. So befindet sich auch im Treppenturm ein Verhörraum und Verlieszellen, zwei Hexenprozesse fanden 1631 auf der Wewelsburg statt. Carl Gustav Wrangel zerstörte im Dreißigjährigen Krieg 1646 die Burg erstmalig.
Obwohl Fürstbischof Dietrich Adolf von der Recke bis 1660 die Wewelsburg wieder aufbaute, verlor sie den Rang als Nebenresidenz der Fürstbischöfe. 1718 fand der letzte fürstbischöfliche Besuch statt, notdürftige Unterhaltungen wegen der Schulden des Landes sind im 18. und 19. Jahrhundert dokumentiert. Zunächst wurden die Verliese ab 1752/53 als Zivilkerker, später als Militärgefängnis für Deserteure genutzt. Der Nordturm der Burg, die 1802 in den Besitz Preußens fiel, brannte am 11. Januar 1815 nach einem Blitzschlag bis auf die Außenmauern aus. Zwischen 1832 bis 1934 diente die ehemalige Wohnung des Rentmeisters als Pfarrwohnung. Der Kreis Büren wurde 1924 Eigentümer der Burg und schuf in ihr ein Kulturzentrum mit einem örtliches Museum, einem Restaurant und einer Jugendherberge.
Während der nationalsozialistischen Zeit wurde Hermann Bartels 1933 zum leitenden Architekten für den Umbau der Wewelsburg zur SS-Burg vom „Reichsführer-SS“ Heinrich Himmler, der zunächst eine Schulungsstätte für SS-Führer plante, ernannt. Ein kleiner Stab von SS-Wissenschaftlern wurde eingestellt. Ab Kriegsbeginn diente die Wewelsburg als Versammlungsort für SS-Gruppenführer. Unter anderem rief Himmler im Juni 1941 SS-Funktionsträger hier zusammen, um ihnen die Kriegsziele des Russlandfeldzuges zu erläutern. Viele bauliche Maßnahmen der SS fanden statt, ab 1940 sollten die Bewohner des Dorfes Wewelsburg ausgesiedelt werden, um eine neue Burganlage in einem Dreiviertelkreis mit einem Radius von 635 Meter um das alte Gebäude herum zu bauen. Ein Konzentrationslager in Wewelsburg, welches zunächst dem Hauptlager Sachsenhausen und später dem KZ Buchenwald unterstand, wurde von der SS im Krieg eingerichtet, um die geplanten Bauarbeiten verwirklichen zu können. Von den über 3900 Häftlingen überlebten 1285 das KZ nicht. Im März 1945 wurde die Sprengung der gesamten Burganlage von Himmler befohlen.
Die Wewelsburg wurde nach dem Krieg wieder aufgebaut, in ihr befindet sich heute das Kreismuseum Wewelsburg und eine Jugendherberge mit 204 Betten, sowie die Erinnerungs- und Gedenkstätte "Wewelsburg 1933-1945" im ehemaligen SS-Wachgebäude am Burgvorplatz. Es ist die weltweit einzige umfassende museale Gesamtdarstellung der Geschichte der Schutzstaffel (SS) der NSDAP. So zeigt die Dauerausstellung "Ideologie und Terror der SS" die lokale Geschichte der SS in Wewelsburg und des hiesigen Konzentrationslagers.
